Efficacia ed efficienza rappresentano i principi a cui si ispira l’Agenzia per realizzare i propri obiettivi strategici, valorizzando il capitale umano, assicurando la formazione e lo sviluppo professionale delle proprie risorse e garantendo pari opportunità alle lavoratrici e ai lavoratori.
I vertici dell’Agenzia sono il Direttore Generale e il Vice Direttore Generale e si articola in servizi generali e divisioni.
I Servizi operano sulla base degli indirizzi del Direttore Generale e presidiano ambiti ampi e complessi, correlati alle funzioni e alle politiche generali dell'Agenzia. Le Divisioni sono istituite per la gestione di un insieme omogeneo di tematiche e macro-processi e operano all'interno dei Servizi. L’organizzazione di ACN è regolamentata dal decreto del Presidente del Consiglio dei ministri n. 223 del 9 dicembre 2021.